ご存知の方も多いとは思いますが、もちろんNOです。
「元本1000万円+その利息」は100%保護され、それを超える部分は一部カットされる場合もあると認識してください。どういうことかと言えば、金融機関が破綻すると清算人が清算手続きを始めます。優良資産と不良資産の分別やその金額の確定などを行い、確定した段階で預金保険機構が一定の利率で預金者から債権(預金)を買い取り、払い戻しをするのです。
この方法を「概算払い」と言い、一定の利率のことを「概算払い率」と言います。そして、この「概算払い率」は破綻金融機関からの弁済見込み額(清算見込み額)を考慮して決定されます。

<出展>金融広報中央委員会
この概算払い率が100%であれば「元本1000万円超+その利息」の全額、同50%なら半分が戻ってくることになります。さらに、清算処理が終わり預金保険機構が回収した額が回収費用を差し引いてもこの概算払い額を上回る時には、その差額分が預金者へ戻されます。
99年10月に破たんした新潟中央銀行を例にとると、債務超過額は3817億円で、同年3月末の負債総額から試算してみると、ペイオフ解禁後の破たんだった場合、1000万円を超える分や外貨預金などは約3割カットされた計算になるそうです。貸出金などの資産が高く売れず、損失が膨らんだのが理由とされています。7割は戻ってきています。